En 2000 fue detenido en el Reclusorio Preventivo Varonil Norte
En 2011 se le abrió carpeta de investigación por sus contradicciones en el caso del frío asesinato del activista y defensor de la causa lésbico-gay Christian Iván Sánchez, quien también fue ex coordinador del Comité de Diversidad Sexual del PRD de la Ciudad de México.
Jonathan Jardines estaba registrado en el celular de Christian como “La Jovana” y fue la última persona que tuvo una llamada telefónica con el occiso.
En diversas ocasiones su equipo fue sorprendido con armas de fuego, en una de ellas, fue grabado junto a su colaborador quien presumía y amedrentaba a quienes les rodeaban.
Hubieron sin fin de solicitudes de militantes, líderes y diputados del PRD para expulsar a este delincuente violento. Antes de ser expulsado, se cobijó en MORENA que como siempre acepta a cualquier delincuente, el cascajo y desecho de la sociedad.